An erster Stelle der diagnostischen Möglichkeiten bei Verdacht auf Morbus NP-C steht die Erhebung der Krankengeschichte sowie eine umfassende körperliche Untersuchung. Bei einer Blutuntersuchung kann man einen Anstieg des Enzyms Chitotriosidase nachweisen. Studien deuten darauf hin, dass die Messung der Chitotriosidase-Aktivität im Plasma von Bedeutung als Marker für Speicherkrankheiten wie M. Gaucher oder Niemann-Pick Krankheit sein könnte. Der Plasma-Chitotriosidase-Spiegel ist bei M. Gaucher deutlich erhöht, geht im Verlauf der Behandlung regelmäßig zurück und wird in einigen Ländern als Screening-Methode bei Kindern empfohlen. Laborstudien deuten darauf hin, dass dies auch auf die NP-C zutreffen könnte, obwohl die Patienten bei dieser Erkrankung typischerweise eine größere biochemische Variabilität zeigen. Anschließend wird eine Hautbiopsie gemacht, um Cholesterinspeicherung nachzuweisen.
Eine vorgeburtliche (pränatale) Untersuchung ist bei vorbelasteten Familien empfehlenswert.
